La scoperta, verso la metà dell'Ottocento, di un insediamento urbano etrusco fondato verso la fine del VI sec. a.C. ha determinato la formazione di un'importante raccolta archeologica ceduta allo Stato negli anni Trenta di questo secolo dalla famiglia Aria insieme all'area in cui si estendeva la città antica.
Dopo le gravi vicende belliche che hanno interessato il territorio comunale di Marzabotto e la distruzione completa del Museo appena costituito, a partire dagli anni Cinquanta una nuova sede espositiva custodisce quanto rimaneva delle vecchie raccolte, in gran parte disperse, insieme con i risultati delle ricerche condotte in questi ultimi decenni.
 

Testa di Kouros	Kantharos configurato	Bronzetto votivo di offerente

Il percorso museale è propedeutico alla conoscenza storica del sito e all'illustrazione degli scavi visitabili nell'ampio parco circostante. Dopo una premessa sulle caratteristiche geomorfologiche dell'area, l'allestimento presenta qui elementi più significativi salvati dalla distruzione del Museo. I nuovi scavi sono illustrati di seguito, con una successione topografica, che spiega i vari aspetti dell'abitato, dalla frequentazione dei luoghi sacri dell' acropoli e del santuario fontile alla cultura materiale delle case private e delle strutture produttive, tra le quali destano particolare interesse quelle collegate alle lavorazioni metalliche e ceramiche. Un'ultima sezione presenta i corredi di alcune tombe emergenti del territorio.

Balsamario in pasta vitrea

Bronzetto di discobolo

La prima sala illustra in primo luogo le caratteristiche generali dell’area. Sono inoltre esposti vari reperti quali vasi attici, bronzi, segnacoli tombali e balsamari provenienti dalle necropoli e  scampati alla distruzione del museo nel corso dell’ultimo conflitto mondiale.
Nella seconda sala sono presentati i materiali rinvenuti nel corso dei vecchi scavi nell’abitato e sull’acropoli nonché quelli provenienti dal santuario fontile.
Nella terza sala, oltre alle terrecotte architettoniche dell’acropoli e delle case di abitazione (resti di colonne, tegole di copertura, condutture in tubi di argilla), sono esposti i materiali più significativi degli scavi recenti fra i quali spicca per eccezionalità la testa di kouros in marmo greco.
Nella quarta sala sono collocati due corredi funebri, di cui uno dotato di segnacolo marmoreo, rinvenuti nel 1969 nel vicino centro di Sasso Marconi.

Cimasa di candelabro in bronzo

Cippo in marmo

Si sta anche concludendo l’opera di ristrutturazione di un’ala dello stabile che da deposito diventerà spazio espositivo. Ciò rientra in un più ampio progetto di riassetto museale che potrà essere realizzato grazie al decisivo sostegno finanziario della Fondazione Cassa di Risparmio in Bologna. Tale risistemazione darà al Museo di Marzabotto un nuovo percorso espositivo in un contenitore museale che, per mezzo di balconate esterne e finestre a fenditoia lungo le pareti, suggerirà un rimando costante fra i pezzi in vetrina e l’area archeologica da cui gli stessi provengono.
L’intervento è inserito in un quadro più ampio di lavori finalizzati all’ampliamento, recupero e riqualificazione ambientale del Museo, nell’ambito di un progetto europeo che riguarda l'ideazione e la realizzazione di interventi di recupero e la costruzione di nuovi edifici a destinazione museale. Il progetto, che complessivamente coinvolge nove musei europei, annovera accanto a quello di Marzabotto altri due importanti musei archeologici: quello di Lisbona e soprattutto quello di Delfi.